百孔，官场网利其私，土司多叛，张献忠再入四川，威胁云南。
沐天波征调官兵和土司军北上，防西军入滇，结果反而引发叛乱，最后借沙定洲等土司平乱，可前门拒虎后门入狼，蒙自土司平乱后居然在昆明不走了，发起叛乱夺了昆明，沐天波只得一路逃跑，都快跑到缅甸去了。
最后还是朱以海从四川广西贵州湖南调兵去云南协助平叛，又重用云南的杨畏知、龙在田等汉官、土将，打了两年，才终于收复昆明、楚雄、大理等地，擒斩沙定洲夫妇，平定叛乱。
但云南经此一乱后，更加动荡，土司势力极强。
沐府的威望则大降。
大明一朝，沐氏虽非宗藩，但是事实上的地方藩镇，其世代镇守云南，确实镇边有功，但到了明末，也差不多沦为负担了。
云南官方统计的田地，万历年间统计，云南都司拥有职田十五万多亩，军屯田一百一十多万亩，布政司拥有官民田一百八十多万亩，三项加起来三百多万亩。
而沐家朝廷前后共赐地一千多顷，实际拥地八千多顷，到明末，甚至实际拥有一百多万亩，占官方田地数量的四分之一。
还有大量开垦地没登记，有大量的寄名地，以及侵占的军田官田，兼并的民田等。
沐家在明末时对云南的负担，甚至超过内地的宗藩王府，因为天高皇帝远，他们还有云南总兵官这个职务，所以行事更方便。
对于沐天波，朱以海其实是很不满的。
崇祯朝，既不能领兵北上勤王，护卫中央，又不能安靖地方，还横征暴敛引发大规模土司叛乱，结果叛乱一起，又跑的比兔子还块，丢地失土，损兵折将，这样的云南总兵有什么用？
更别说他们家就是云南藩镇。
大明宗藩都撤掉了，云南沐府肯定也要撤的。
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