可林丹汗这个时候，却还在不断发动对他不服号令诸部的讨伐战争，结果就是使的更多的蒙古部落背弃他转投后金，或远走漠北投奔外喀尔喀。
最后林丹汗众叛亲离，完全丧失了对察哈尔八大营和漠南蒙古诸部的控制，他西迁呼和浩特一带的归化城，进攻漠南右翼诸部，也让女真人趁机把蒙东地区的察哈尔诸部控制在手。
林丹汗最后连河套也呆不住，只得避走青海，投奔控制青海的外喀尔喀的一位台吉，却最后病死在那，他的妻儿们最后迁回河套，皇太极御驾西征，收降察哈尔诸部，还把林丹汗的妻儿都掳走。
林丹汗的妻妾，都被皇太极和兄弟们瓜分。
甚至林丹汗的两个年幼女儿他都养在宫里，长大后嫁给自己兄弟。
自成吉思汗起，绵延了四百二十九年的大蒙古帝国，算是灭亡。
而延续三百六十四年的大元王朝也终结。
就算是北元汗廷，也在维系二百六十七年后终结。
皇太极改国号大金为大清，包括察哈尔在内的漠南蒙古十六部四十九名首领齐聚沈阳，奉皇太极为蒙古诸部的共主，并给皇太极上博格达彻辰汗号。
而皇太极也废除了自成吉思汗以来的分封制度，和自达廷汗以来的万户制度，改以八旗制，把原蒙古左右翼六万户、科尔沁万户等各部肢解为互不统领的若干蒙古部落，形成蒙古盟旗制度。
一方面缩小蒙古各部的领地范围，防止蒙古王公坐大，其次对诸部画地为牢，杜绝各部联合，以加强有效控制。