袁世凯在中南海春藕斋召开特别会议，征询了袁政|府文武们的意见：“诸位说，咱们是接受，还是给日本打一场？”文武官员们一致认为，只有接受，打不得！
袁世凯认为日本已收回对中国最为不利的第五号各条款，其他条款已非亡国条件，为了避免事态扩大，可以签了。于是那一天下午，召集各部部长，宣布接受“二十一条”的部分要求。
5月9日23时，北洋政|府没有等到预期的外援，以“国力未充，难以兵戎相见”为由，对外宣布接受二十一条中一至四号的部份要求。其后袁世凯就向全国通报，“不得已，只有签订了，这实际上是奇耻大辱”。在国人说这是奇耻大辱之前，他都承认这也是奇耻大辱。当时这种谈判，就在这种历史条件下，没办法。当时在国外，中国的留学海外的精英、当时已经很成名的胡适就说，“这个谈判应该说在之前中国的历史当中，是没有过的，该柔的时候柔，该刚的时候刚，争取了对自己最大的退让了”。
王芸生在30年代初编辑《60年来中国与日本》的时候也说，在回顾整个谈判，袁世凯的指挥和领导，应该说是没大错的，当年的一些历史学家，比如说陈恭禄的《近代史》啊，蒋廷黻的《近代史》等，也都肯定了。这时候二十一条的交涉，应该说这种结论，是中肯的。说他拱手卖国，起码是没有历史依据的。
5月25日，中日在北京签署《关于山东省之条约》、《关于南满洲及东部内蒙古之条约》及13件换文，总称《中日民四条约》，与《二十一条》原案比较，中国损失相较于原案已尽可能减小到最低程度。